demerstem

DEMERSTEM project - Overview

The EU DEMERSTEM project (http://pescao-demerstem.org) aims to improve knowledge on stocks in ECOWAS area.

This package aims to provide function to help for stocks assessment process in West Africa DLS context. Surplus-production and length-based model are available, in particular it provides :

1. Delta-glm method to estimate year effect and compute indices abundance
2. Surplus-production model with pseudo-equilibrium fitting
3. Polymodal decomposition to extract numbers-at-age
4. Rectified pseudo-cohort to estimate F-at-age and elaborate a diagnosis on stock status

Le projet Européen DEMERSTEM (http://pescao-demerstem.org) vise à améliorer les connaissances sur les stocks dans la région CEDEAO.

Ce package a été developpé en appui à l'évaluation des stocks d'Afrique de l'Ouest en contexte data-limited. Des modèles basés sur les tailles et de production sont disponibles. En particulier on retrouve :

1. Une méthode d'estimation d'indices d'abondance par delta-GLM
2. Un modèle de production ajusté en pseudo-équilibre.
3. La décomposition polymodale pour estimer le nombre d'invidus de chaque âge.
4. La méthode des pseudo cohortes rectifiées pour estimer les F aux âges.

Installation

You need devtools to use the function install_github()

install.packages('devtools')
library(devtools)

You also need to install Jags for bayesian simulation : https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Windows/

Then, you can install the package

install_github("polehalieutique/demerstem")

library(demerstem)
packageVersion("demerstem")

Getting Started

Once the demerstem package is installed, a set of vignettes and data are available in order to take first steps with the package.