本流程是对KARR-seq流程输入输出和规则做了些修改,并补充了原文章没有公开的代码,使得其适应个性化分析任务
举例:
snakemake -s workflow/KARR-seq/KARRseq.smk --use-conda --cores 30 --directory workflow/KARR-seq/ --config indir="../../data/GSE166155/fq" outdir="../../output" - --directory指定snakfile所在目录,使得其可以加载同目录下"config/KARRseq.yaml"
- --config indir="../../data/GSE166155" outdir="../../output" 分别指定输入和输出位置,相对于snakfile所在目录