diff --git a/sample_projects/worm/custom_modules/custom.cpp b/sample_projects/worm/custom_modules/custom.cpp index d8ab54473..93aab43b2 100644 --- a/sample_projects/worm/custom_modules/custom.cpp +++ b/sample_projects/worm/custom_modules/custom.cpp @@ -284,6 +284,7 @@ void custom_function( Cell* pCell, Phenotype& phenotype , double dt ) else { pCell->functions.update_migration_bias = tail_migration_direction; } phenotype.secretion.secretion_rates[nSignal] = 100; + pCell->set_internal_uptake_constants(diffusion_dt); } // if 2 or more attachments, use middle @@ -291,6 +292,7 @@ void custom_function( Cell* pCell, Phenotype& phenotype , double dt ) { pCell->functions.update_migration_bias = middle_migration_direction; phenotype.secretion.secretion_rates[nSignal] = 1; + pCell->set_internal_uptake_constants(diffusion_dt); } return; diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000000.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000000.svg index 85e12f643..fd5aa2e43 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000000.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000000.svg @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0017 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0051 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000001.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000001.svg index 364e0c68b..79663cd68 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000001.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000001.svg @@ -25,24 +25,24 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -53,116 +53,116 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -173,56 +173,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -241,44 +241,44 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -289,12 +289,12 @@ - - + + - - + + @@ -305,32 +305,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -341,8 +341,8 @@ - - + + @@ -353,96 +353,96 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -453,28 +453,28 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,32 +485,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -525,84 +525,84 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -617,128 +617,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -749,56 +749,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -809,12 +809,12 @@ - - + + - - + + @@ -825,32 +825,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -861,60 +861,60 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -925,60 +925,60 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -993,32 +993,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0263 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0297 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000002.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000002.svg index bdf4e2802..e0157e802 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000002.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000002.svg @@ -25,144 +25,144 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -173,56 +173,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -241,44 +241,44 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -289,48 +289,48 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -341,8 +341,8 @@ - - + + @@ -353,128 +353,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,32 +485,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -525,84 +525,84 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -617,128 +617,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -749,56 +749,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -809,12 +809,12 @@ - - + + - - + + @@ -825,32 +825,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -861,124 +861,124 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -993,32 +993,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0495 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0535 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000003.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000003.svg index 4d91b49d3..8c473b32f 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000003.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000003.svg @@ -25,144 +25,144 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -173,56 +173,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -241,44 +241,44 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -289,48 +289,48 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -341,8 +341,8 @@ - - + + @@ -353,128 +353,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,32 +485,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -525,84 +525,84 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -617,128 +617,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -749,72 +749,72 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -825,160 +825,160 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -993,44 +993,44 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0729 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0770 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000004.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000004.svg index c20c0285e..004285e03 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000004.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000004.svg @@ -25,144 +25,144 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -173,56 +173,56 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -241,44 +241,44 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -289,60 +289,60 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -353,128 +353,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,32 +485,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -525,84 +525,84 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -613,132 +613,132 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -749,304 +749,304 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.0969 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.1001 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000005.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000005.svg index a9274f606..10ab8c7d2 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000005.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000005.svg @@ -25,204 +25,204 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -237,112 +237,112 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -353,128 +353,128 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,32 +485,32 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -521,548 +521,548 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -1077,7 +1077,7 @@ - 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.1216 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.1241 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000006.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000006.svg index 4db1cc0f7..fe8789fdf 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000006.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000006.svg @@ -25,204 +25,204 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -237,244 +237,244 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -485,588 +485,588 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - 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- + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + @@ -237,836 +237,836 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - 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0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.2228 seconds + 0 days, 0 hours, 0 minutes, and 0.2191 seconds diff --git a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000010.svg b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000010.svg index 804a2ddb3..7f833e6d2 100644 --- a/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000010.svg +++ b/tests/cases/output_worm-sample/snapshot00000010.svg @@ -25,1048 +25,1048 @@ - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - - + + - 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